El Comité Consultivo estará conformado por los Gobernadores departamentales y los Alcaldes municipales de la Región del Trifinio, los representantes de las Asociaciones del Trifinio para el Desarrollo Sostenible (ATRIDEST) de El Salvador, Guatemala y Honduras y de las cooperativas, organizaciones no gubernamentales y otras organizaciones civiles de cualquier naturaleza interesadas en apoyar la ejecución del Plan Trifinio y que sean aceptadas por la Junta Directiva del Comité, conforme a las normas de funcionamiento que apruebe la Comisión Trinacional del Plan Trifinio.

Funciones:

1. Emitir opinión sobre cualquier proyecto a desarrollarse o en desarrollo en la Región del Trifinio y elevarla a través de la Secretaria Ejecutiva Trinacional a la Comisión Trinacional del Plan Trifinio.
2. Proponer acciones y proyectos a ser desarrollados en el área del Trifinio, que puedan pasar a ser parte integral del Plan Trifinio mediante aprobación de la Comisión Trinacional del Plan Trifinio.
3. Impulsar iniciativas y acciones de apoyo a la ejecución concertada del Plan Trifinio.
4. Elevar a la Comisión Trinacional del Plan Trifinio, a través de la Secretaria Ejecutiva Trinacional, denuncias de actividades ilícitas en la Región del Trifinio que ponga en peligro al medio ambiente y los recursos naturales o atenten en contra de la integridad de la Reserva de Biosfera Trifinio-Fraternidad
5. Todas aquellas otras funciones que le asigne la Comisión Trinacional del Plan Trifinio.