La Secretaría Ejecutiva Trinacional es el órgano ejecutivo permanente de la Comisión Trinacional con sede en San Salvador, El Salvador. Su objetivo fundamental es el de contribuir a la realización de los objetivos del Tratado para la Ejecución del Plan Trifinio.
La Secretaría Ejecutiva cuenta además con una Unidad Administrativa Trinacional (UAT) con sede en San Salvador, El Salvador y una Gerencia Técnica Trinacional (GTT) ubicada en Esquipulas, Guatemala.